智库采用法人治理机制，实施理事会领导下的主任负责制，依托南京大学五大社科学院建立不同方向的研究中心。2019年，智库将研究方向更聚焦于传媒，增加了3个新闻传播领域的研究中心，研究中心增加至8个，包括：马克思主义新闻观研究中心、舆论引导与网络生态治理研究中心、媒体融合发展研究中心、国家形象与传播研究中心、舆论与社会心态研究中心、大数据与社会计算研究中心、社会治理创新研究中心和信访与社会矛盾研究中心。八大研究中心围绕“大传媒”开展研究，并将成果汇总至智库。